Duży postęp w zakresie analizy genomiczej sprawił, że zajmujące się nią laboratoria korzystają obecnie z sekwencjonowania nowej generacji (NGS). To skuteczna i efektywna metoda umożliwiająca jednoczesne odczytywanie milionów fragmentów sekwencji DNA. By móc z niej skorzystać, należy dysponować specjalistycznym oprogramowaniem do przetwarzania danych NGS, którego wdrożeniem mogą zająć się specjaliści z SoftSystem. Sprawdź już teraz, jakie są możliwości oferowanego systemu oraz dlaczego warto postawić na nasze rozwiązania!
Jakie są zalety stosowania technologii NGS do analizy sekwencjonowania DNA?
Nowoczesną technologię NGS uznaje się dziś za podstawowe narzędzie do analiz z zakresu biologii molekularnej. Porównując je do tradycyjnych metod sekwencjonowania DNA, pośród najważniejszych jego zalet należy wymienić:
• niezwykle wysoką precyzję działania,
• możliwość optymalizacji kosztów prowadzenia laboratorium,
• wyjątkową wydajność, która przyczynia się do znaczącego skrócenia czasu przeznaczanego na wykonanie analizy genomicznej.
W wyniku sekwencjonowania DNA generowane są ogromne ilości danych, których analiza jest czasochłonnymi i trudnym procesem wymagającym nierzadko specjalistycznej wiedzy bioinformatycznej. Oferowany przez nas system NGS stanowi doskonałe wsparcie dla tego procesu. Dlaczego warto korzystać z takich narzędzi informatycznych?
Jakie są możliwości systemu przetwarzania danych NGS Console od SoftSystem?
Oferowane przez naszą firmę narzędzia świetnie sprawdzają się w laboratoriach pracujących z dużymi bazami danych. Zaawansowane technologicznie oprogramowanie umożliwia jednoczesne wykonywanie wielu analiz sekwencjonowania DNA. W efekcie znacząco skraca się czas upływający od pobrania próbki do przygotowania raportu końcowego z badania. Pomimo automatyzacji procesów, pracownicy placówki laboratoryjnej mogą kontrolować przetwarzanie danych. System NGS Console cechuje się modułową architekturą, co czyni go bardzo uniwersalnym narzędziem. Świetnie nadaje się do laboratoriów zajmujących się sekwencjonowaniem genomowym lub eksomowym. NGS Console posiada zintegrowane powszechnie stosowane pakiety bioinformatyczne takie jak:
• GATK,
• Picard,
• SAMTools,
• FASTQC.
System umożliwia również integrowanie dodatkowych narzędzi i algorytmów bioinformatycznych.
Jakie są korzyści z wdrożenia systemu przetwarzania danych NGS?
Możliwości wykorzystania nowoczesnej technologii NGS zależą od stosowanego oprogramowania. Nasze narzędzia gwarantują, że analiza sekwencjonowania DNA będzie precyzyjna, szybka i stosunkowo tania. Korzyści płynące ze wdrożenia rozwiązań informatycznych od SoftSystem, to m.in.:
• dostęp do rozbudowanych możliwości systemu przetwarzania danych NGS
• efektywniejsza praca laboratorium,
• skuteczna kontrola jakości na poziomie próbki oraz przetwarzania danych.
Możliwości oprogramowania NGS Console
Kluczową funkcją systemu przetwarzania danych NGS jest wykrywanie wariantów genetycznych dla określonego fenotypu. Można je dowolnie filtrować, stosując dopasowane do potrzeb kryteria.
Oprócz tego oprogramowanie do przetwarzania danych NGS zostało stworzone z myślą o integracji z systemem LIMS. To zestaw profesjonalnych narzędzi przeznaczonych m.in. do planowania pracy w laboratorium i nadzorowania jej. Korzyścią z takiego połączenia będzie np. możliwość bezpośredniego przekazywania zamówień na badania poprzez wbudowaną konsolę.
Efektywniejsza praca laboratorium
Nowoczesne algorytmy zastosowane w NGS Console mogą równolegle przeprowadzać wiele analiz DNA. To oszczędność czasu, która jest także efektem automatycznego generowania raportów końcowych CVS. Do tego użytkownicy systemu mogą pobierać pliki wyjściowe z danymi w różnych popularnych formatach, w tym:
• BAM,
• BAI,
• VCF.
Na zwiększenie wydajności pracy laboratorium wpływa także funkcja planowania analiz danych z sekwencjonowania NGS. Oprogramowanie umożliwia ich kolejkowanie pod kątem określonych wcześniej priorytetów.
Wysoka jakość analizy sekwencjonowania DNA
Z punktu widzenia laboratorium, najważniejsza jest zawsze jakość wykonanej analizy sekwencjonowania DNA. NGS Console zapewnia nadzór nad kontrolą jakości analizowanych danych zarówno na poziomie całego procesu jak i pojedynczej próbki.
System oferuje szerokie możliwości konfigurowania różnych parametrów związanych z kontrolą jakości. Zalicza się do nich między innymi:
• rozkład długości sekwencji i poziomy ich powielania,
• określenie maksymalnej zawartości par GC,
• zawartość adaptera.
Jedną z funkcjonalności systemu jest możliwość ustawienia parametrów jakości sekwencjonowania. W razie ich przekroczenia, użytkownik musi podjąć decyzję o kontynuowaniu lub przerwaniu analizy.
Postaw na nowoczesny system przetwarzania danych NGS Console!
Prowadzisz laboratorium, w którym każdego dnia przetwarza się ogromne ilości danych z sekwencjonowania DNA? W takim razie zdecydowanie powinieneś stawiać na rozwiązania usprawniające pracę z nimi. Jeśli Twoja placówka specjalizuje się w analizie sekwencjonowania DNA, zapoznaj się z naszą ofertą. NGS Console to nowoczesny, bardzo funkcjonalny i do tego prosty w obsłudze system przetwarzania danych NGS. Za jego przygotowanie oraz rozwój odpowiedzialny jest zespół doświadczonych programistów i testerów. Skontaktuj się z nami już dziś – zajmiemy się kompleksowym wdrożeniem narzędzi informatycznych i ich konfiguracją!
